Sultanahmet Camii'nin mimarı, Osmanlı'nın büyük ustalarından Sedefkâr Mehmet Ağa'dır. Kendisi, "Koca Sinan" lakabıyla anılan Mimar Sinan'ın en yetenekli ve önde gelen öğrencilerinden biridir. Mimar Sinan'ın vefatının ardından Osmanlı mimarisindeki boşluğu dolduran, onun klasik ekolünü kendi özgün yorumlarıyla bir sonraki seviyeye taşıyan önemli bir isimdir Mehmet Ağa.
Sedefkâr Mehmet Ağa, aslında sedefkârlık sanatındaki ustalığıyla tanınmış, hatta "Sedefkâr" unvanını buradan almıştır. Ancak mimariye olan yeteneği ve Mimar Sinan'ın yanında aldığı eğitimle kendisini bu alanda da kanıtlamıştır. Sultan I. Ahmed'in tahta geçmesiyle birlikte, onun himayesinde en büyük eseri olan Sultanahmet Camii'ni inşa etme görevini üstlenmiştir. Cami'nin yapımına 1609'da başlanmış ve yedi yıl süren yoğun bir çalışmanın ardından 1616'da tamamlanmıştır.
Bu cami, Osmanlı İmparatorluğu'nun zirve dönemlerinden birinde, devletin gücünü ve ihtişamını simgeleyecek şekilde tasarlanmıştır. Mehmet Ağa, hocası Sinan'ın mimari prensiplerini, özellikle merkezi kubbe sistemini ve geniş, ferah iç mekan anlayışını temel almıştır. Ancak, kendi sanatçı kişiliğini de caminin her detayına katmıştır. Altı minareli oluşu (o dönemde sadece Kâbe'de bulunan bu özellik, ciddi tartışmalara yol açmıştır) ve iç mekanını süsleyen binlerce göz alıcı İznik çinisiyle "Mavi Cami" olarak da anılması, onun tasarımdaki cüretkârlığının ve estetik anlayışının birer göstergesidir.
Sultanahmet Camii projesini özel kılan en önemli püf noktalardan biri, Sultan I. Ahmed'in bu yapıya olan doğrudan ve eşsiz ilgisiydi. Kaynaklar, Sultan'ın bizzat inşaat alanını sürekli ziyaret ettiğini, mimarla birebir istişarelerde bulunduğunu ve hatta caminin temel atma törenine kendi elleriyle katıldığını belirtir. Böyle bir sultan desteği ve beklentisi, mimar üzerindeki baskıyı artırırken, aynı zamanda eserin kalitesini ve hızını da pozitif yönde etkilemiştir.
Benim bu alandaki tecrübelerime dayanarak şunu eklemeliyim: Bir mimar için, böylesine büyük bir imparatorluk projesinde, devletin en tepesindeki ismin bu denli yakın takibi ve kişisel ilgisi hem büyük bir onur hem de inanılmaz bir motivasyon kaynağıdır. Mehmet Ağa, bu süreçte sadece bir inşaat ustası değil, aynı zamanda Sultan'ın vizyonunu somutlaştıran bir sanatçı olmuştur. Sultanahmet Camii, Osmanlı klasik dönem mimarisinin son büyük nefesi olmakla kalmaz, aynı zamanda 17. yüzyılın başındaki baroklaşma ve daha süslemeci bir anlayışa geçişin ilk sinyallerini veren eşsiz bir yapı olarak mimarlık tarihindeki yerini almıştır. Mehmet Ağa, Sinan'ın gölgesinde kalmadan, kendi dehasıyla anılmayı başarmıştır.