Osmanlı medrese sistemi, basit bir "okul listesi" olmaktan çok, imparatorluğun idari ve hukuki omurgasını oluşturan devasa bir eğitim ağıdır. Bu ağın temelini, Sultan II. Murat döneminde kurulan Sahn-ı Seman teşkilatı atar. Bu yapı, İstanbul’da sekiz medreseden oluşarak hem sayısal hem de sembolik açıdan sistemin merkezini oluşturur. Ancak "hangileridir" sorusunu yanıtlarken, medreseyi yalnızca fiziksel binalar olarak değil, vakıf sistemiyle işleyen bir organizasyon olarak düşünmen gerekir.
Osmanlı’da medreseler; kuran, sultan, padişah, valide sultan ve devlet büyükleri tarafından kurulanlar şeklinde sınıflandırılır. İşte dikkat çekici ve tarihsel ağırlığı olan başlıca örnekler:
Bir medresenin önemini anlamak için onun vakfiyesine bakman gerekir. Örneğin, kadim (eski) olarak anılan medreseler, daha öncelikli göreve atama hakkına sahipti. Yani bir hoca, önce en eski ve prestijli medreseye atanırdı. Bu yüzden Sahn-ı Seman ve Fatih medreseleri, akademik kariyerde "ilk durağ" konumundaydı.
Pratikte bu sistem, Osmanlı’da "ilmiye" sınıfının (hukukçular, yargıçlar, müderrisler) üretim bandı gibiydi. Bir medreseyi sadece bir bina olarak değil, o bina etrafında şekillenen kadı, müderris ve talebe ilişkilerinin ağı olarak okursan, Osmanlı eğitim sisteminin derinliğini daha iyi kavrayacaksın. Özellikle İstanbul dışındaki büyük şehirlerde (Bursa, Edirne, Konya) kurulan semt medreseleri de yerel entelektüel yapının belirlenmesinde kilit rol oynamıştır.