Topkapı Sarayı'nın inşası, Osmanlı tarihinin en kritik kırılma noktalarından biri olan II. Mehmed (Fatih Sultan Mehmed) döneminde gerçekleşmiştir. Sarayın temel atma töreni 1459 yılında yapılmış olup, ana yapının 1465 yılında tamamlanarak hizmete girdiği kabul edilir. Yani saray, İstanbul'un fethinden (1453) hemen sonraki on yıllık süreçte, yeni başkentin idari ve sembolik merkezi olarak inşa edilmiştir.
Bu projeyi başlatan motivasyon, sadece estetik değil, derin bir siyasi gereklilik idi. Fatih Sultan Mehmed, İstanbul'u fethettiğinde Bizans İmparatorluğu'nun eski sarayı olan Ayasofya'nın yakınındaki alanları devraldı. Ancak bu alanlar, Osmanlı'nın büyüyen saray teşkilatını ve devasa harem nüfusunu barındıracak kapasitede değildi. Bu nedenle, bugünkü Topkapı Sarayı'nın yerinde, Bizans'ın "Büyük Sarayı" (Palatium Magnum) kalıntıları üzerine yeni bir imparatorluk merkezi kurgulandı.
İnşaat sürecinde dikkat çeken püf nokta, sarayın mimari planının Avrupalı Rönesans saraylarından farklı olarak, İslam mahremiyet kavramı ve Osmanlı protokolü üzerine şekillenmesidir. Saray, dış dünyadan tamamen izole edilmiş, sadece padişahın izniyle girilebilen katmanlı bir yapılaşmaya sahipti. Bu katmanlardan ilki olan İlk Avlu (Sokollu Mehmet Paşa Camii'nin de bulunduğu alan) halka ve elçilere açıktı; ancak Üçüncü Avlu ve Has Oda bölgeleri, harem ve padişahın özel yaşam alanları için tamamen kapalı tutuluydu.
Eğer İstanbul'da sarayı gezecek isen, sadece "Fatih yaptırdı" bilgisini alıp geçmek yerine, mimarinin fonksiyonelliğine dikkat etmeni öneririm. Özellikle Hazine Odası ve Manastır (Has Ahır) bölümlerini incelerken, 15. yüzyılın sonundaki Osmanlı zenginliğinin ve organize edilmiş lojistik gücünü gözlemleyebilirsin. Ayrıca, sarayın inşasında kullanılan tuğla ve taş işçiliği, Fatih döneminin mimari estetiğinin (Gotik ve Bizans etkileşimli) somut bir kanıtıdır.
Padişahlar sarayı sürekli genişletmişlerdir; örneğin III. Ahmed ve III. Selim dönemlerinde bahçe düzenlemeleri ve yeni binalar eklenmiştir. Ancak temel çekirdek yapı ve sarayın kurulması, tartışmasız olarak Fatih Sultan Mehmed'e aittir. Bu nedenle "Topkapı Sarayı hangi padişah döneminde yapılmıştır?" sorusunun tek ve kesin cevabı 1459-1465 arası, II. Mehmed dönemidir. Bu tarih aralığı, Osmanlı'nın bir fetheden güçten tam teşekküllü bir dünya imparatorluğuna dönüşümünün mimari yansımasıdır.