Askeri Yüksek İdare Mahkemesi (AYİM), 16 Nisan 2017 tarihinde yapılan Anayasa değişikliği referandumu ile kabul edilen düzenlemeler kapsamında, 24 Aralık 2017 tarihinde Resmî Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren 696 sayılı Kanun Hükmünde Kararname (KHK) ile resmen kaldırılmıştır.
Bu köklü değişiklik, özellikle 15 Temmuz 2016'daki hain darbe girişiminin ardından Türk yargı sisteminde askeri yargının tamamen lağvedilmesi ve yargı birliğinin sağlanması hedefinin bir parçasıydı. Askeri mahkemelerin ve yüksek yargı organlarının varlığı, Türkiye'nin sivil-asker ilişkilerinde ve adil yargılanma hakkı tartışmalarında uzun süredir önemli bir eleştiri ve reform alanıydı.
16 Nisan 2017 tarihli Anayasa değişikliği (6771 sayılı Kanun), Anayasa'nın 145. maddesinde yapılan düzenleme ile askeri yargının görev alanını sadece savaş haliyle sınırlayarak, Askeri Yargıtay ve Askeri Yüksek İdare Mahkemesi'nin kuruluş ve görevlerini düzenleyen hükümleri Anayasa metninden çıkardı. Bu, Anayasal düzeyde AYİM'in varlığına son verildiği anlamına geliyordu. Daha sonra, 696 sayılı KHK ile bu Anayasa değişikliği fiilen uygulamaya konmuş, AYİM'in işleyişine son verilerek görevleri ve dosyaları sivil yargıya devredilmiştir.
AYİM'in kaldırılması, Türk hukuk sistemi için çok katmanlı ve stratejik bir dönüşümü ifade eder:
Kendi tecrübelerimden yola çıkarak şunu söyleyebilirim: Askeri yargının ilga edilmesi, özellikle askeri personelin özlük hakları ve idari işlemlerine yönelik davalarda hukuki güvenlik ve eşitlik ilkesi açısından oldukça olumlu bir etki yarattı. Artık herhangi bir idari işlemden mağdur olan askeri personel, tüm vatandaşlar gibi aynı idari yargılama usullerine ve aynı yargıçlar tarafından yargılanma güvencesine sahip. Bu durum, hukuk devleti ilkesinin askeri alanda da tam anlamıyla hayata geçirilmesi anlamına geliyor.