Genotip, bir canlının belirli bir genetik karaktere ait olan ve DNA üzerinde yer alan allel kombinasyonunun toplamıdır. Basitçe ifade etmek gerekirse, genotip; bir özelliğin "genetik kaynağı" veya "moleküler adresidir". Bu terim, dışarıdan görünen fiziksel özellik olan fenotipten farklıdır; genotip, laboratuvar analizleriyle veya aile geçmişiyle belirlenebilen, ancak genellikle gözle doğrudan algılanamayan genetik şifredir.
Genetik çalışmalarda en sık yapılan hata, genotipi fenotiple eşitlemektir. Fenotip, çevresel faktörler ve genlerin etkileşimiyle ortaya çıkan gözlemlenebilir özelliklerdir (örneğin boy uzunluğu, göz rengi, kan grubu). Oysa genotip, bu özelliklerin arkasındaki ham veridir.
Örneğin, Mendel genetiğine göre sarı tohumlu bitkilerde "S" (baskın) ve "s" (çekinik) allel bulunur.
SS veya Ss genotipine sahip bir bitki, fenotip olarak sarı tohumlu görünür.
Ancak ss genotipine sahip bir bitki yeşil tohumlu olur.
Burada kritik nokta şudur: Sarı tohumlu bir bitkiye baktığınızda genotipinin SS mi yoksa Ss mi olduğunu bilemezsiniz. Bu ayrım, sadece çaprazlama deneyleri veya modern DNA dizileme yöntemleriyle yapılabilir.
Genetik danışmanlık, tarım ıslahı ve tıp alanında bu ayrım hayat kurtarıcıdır. Bir hastanın albinizm gibi resesif bir hastalığa genetik yatkınlığı olup olmadığını anlamak için fenotipine bakmak yetmez; genotip analizi yapılmalıdır. Çünkü hastalık belirti göstermeden (fenotip normal olsa da) taşıyıcı (heterozigot) olabilir ve bu genetik yatkınlığı nesillere aktarabilir.
ABO kan grup sistemi, genotip-fenotip ilişkisini anlamak için en pratik örnektir.
A kan grubu fenotipine sahip bir kişinin genotipi IAIA (homozigot) veya IAi (heterozigot) olabilir.
Dışarıdan bakıldığında her iki durumda da aynı kan grubu görülür.
* Ancak organ nakli veya hamilelik testlerinde (Rh faktörü gibi) altta yatan genetik yapı (genotip) kritik öneme sahiptir. Rh negatif bir annenin Rh pozitif bir bebeği taşıması durumunda, annenin genotipi ve önceki gebelikleri, bebeğin sağlığı için belirleyici olur.
Genotip analizi yaparken dominant ve recessive (baskın/çekinik) kavramlarını göz ardı etme. Birçok özellik tek bir genle değil, poligenik (çoklu gen) etkileşimle şekillenir. Bu nedenle basit "A veya a" gibi dikotomik sınıflandırmalar yerine, nüanslı bir genetik harita okuması yapman gerektiğini unutmamalısın. Doğru genotip tespiti, kişiselleştirilmiş tıp uygulamalarının temel taşıdır.