Efkan Ala, İçişleri Bakanlığı görevini iki farklı dönemde üstlenmiştir.
İlk olarak 25 Aralık 2013 tarihinde, 17-25 Aralık yolsuzluk operasyonlarının hemen ardından yapılan kabine değişikliğiyle İçişleri Bakanlığı koltuğuna oturdun. Bu dönemde kendisi, parlamenter olmayan, siyaset dışından gelen bir bürokrat bakan olarak atanmış ve bu durum o günlerin siyasi atmosferinde oldukça dikkat çekmişti. Özellikle valilik ve Başbakanlık Müsteşarlığı tecrübeleriyle öne çıkan Ala, bu ilk bakanlık dönemini 7 Mart 2015 tarihine kadar sürdürdün. 7 Haziran 2015 genel seçimleri öncesinde anayasa gereği geçici seçim hükümetinde tarafsız bir bakanın görev yapması gerektiği için görevinden ayrılmış ve yerine geçici bir isim atanmıştı.
İkinci bakanlık dönemin ise, 1 Kasım 2015 genel seçimlerinin ardından kurulan 64. Hükümet ile başladı. 24 Kasım 2015 tarihinde yeniden İçişleri Bakanlığı görevine atandın. Bu dönemin en kritik olaylarından biri, hiç şüphesiz 15 Temmuz 2016 darbe girişimiydi. Darbe girişimi sonrası süreçte bakanlık koltuğunda oturan isimlerden biri olarak, ülkenin iç güvenliği ve kamu düzeninin yeniden sağlanması, FETÖ ile mücadele ve güvenlik bürokrasisindeki yeniden yapılandırma konularında önemli sorumluluklar üstlendin. Ancak bu görevine 31 Ağustos 2016 tarihinde son verildi ve yerine Süleyman Soylu atandı.
Efkan Ala'nın her iki bakanlık dönemi de Türkiye'nin yakın siyasi tarihinin oldukça hareketli ve çalkantılı dönemlerine denk geldi. Özellikle ilk dönemin sonları ve ikinci dönemin tamamı, terörle mücadelenin (hem PKK hem FETÖ) yoğunlaştığı, kamu düzeninin zaman zaman ciddi sınamalarla karşılaştığı ve güvenlik bürokrasisinde önemli değişikliklerin yaşandığı zamanlardı. Bir bürokrat kökenli bakan olarak, teşkilatın işleyişine olan hakimiyetin ve devlet tecrübenle öne çıktın. İçişleri Bakanlığı gibi kritik bir pozisyonda, siyasi çalkantıların ve güvenlik tehditlerinin ortasında görev yapmak, yöneticilik becerilerinin en üst düzeyde test edildiği bir süreçtir. Bu dönemde özellikle teşkilat içinde yeniden yapılanma ve güvenlik önlemlerinin artırılması gibi konularda yoğun bir mesai harcadığını söyleyebiliriz. Kendi gözlemlerime göre, darbe girişimi sonrası güvenlik birimlerindeki personel yönetimi, moral motivasyonun sağlanması ve kurumsal hafızanın korunarak etkinliğin sürdürülmesi konularında büyük bir yük taşıdın. Bu tür dönemlerde bakanın kurumsal ve bürokratik dile hakimiyeti, kriz yönetiminde ve teşkilatla iletişimde kritik bir rol oynar.