Mesut Yılmaz, Anavatan Partisi (ANAP) genel başkanlığını 15 Haziran 1991 tarihinden 3 Ekim 2002 tarihine kadar aralıksız sürdürmüştür. Bu süreçte bir kez kısa süreliğine istifa edip aynı yıl içinde tekrar göreve dönmesi gibi bir nüans bulunmaktadır, ancak fiili ve etkili liderliği bu tarihler arasını kapsar.
Mesut Yılmaz, partinin kurucusu ve efsane lideri Turgut Özal'ın 1989'da cumhurbaşkanlığına geçmesinin ardından oluşan liderlik boşluğunu doldurmak üzere partinin kongresinde genel başkan seçilmiştir. Özal sonrası Yıldırım Akbulut'un yürüttüğü başbakanlık ve genel başkanlık görevini 1991 yılında, zorlu bir kurultay süreci sonucunda Akbulut'u mağlup ederek devralmıştır. Bu dönemde parti, Özal'ın mirasını sürdürme, liberal politikaları devam ettirme ve Türkiye'yi modernleştirme iddiasındaydı. Ancak tek başına iktidar dönemi yerini koalisyon arayışlarına bırakmaya başlamıştı.
Yılmaz'ın ANAP genel başkanlığı, Türkiye siyasi tarihinin en çalkantılı dönemlerinden birine denk gelir. Refah Partisi'nin yükselişi, koalisyon hükümetlerinin sık sık değişmesi ve 28 Şubat süreci gibi olaylar bu dönemin belirleyici unsurları olmuştur. Mesut Yılmaz, genel başkanlığı sırasında üç farklı dönemde başbakanlık görevini üstlenmiştir:
1991-1992 (Kısa süreli)
1996-1997 (DYP ile koalisyon)
* 1997-1999 (ANAP-DSP-DTP koalisyonu)
Özellikle 28 Şubat sürecinde, dönemin başbakanı Necmettin Erbakan liderliğindeki Refahyol hükümetinin devrilmesi sonrası kurulan Mesut Yılmaz başbakanlığındaki ANASOL-D hükümeti, siyasi arenada önemli rol oynamıştır. Ancak bu yoğun siyasi mücadele ve koalisyonlar, ANAP'ı da yıpratmıştır. 1999 genel seçimlerinde partinin oy oranı düşüş eğilimine girmiş ve %13.22 ile üçüncü sıraya gerilemiştir. Bu seçim sonuçlarının ardından Haziran 1999'da genel başkanlıktan istifa etsen de, partinin ileri gelenlerinin ve tabanın yoğun ısrarıyla Temmuz 1999'da tekrar genel başkan seçilerek görevine devam etmiştir. Bu kısa süreli ayrılık, Yılmaz'ın partideki etkisinin ne denli güçlü olduğunun da bir göstergesiydi.
1999-2002 dönemi, ekonomik krizler, koalisyon hükümetlerinin yetersiz kalması ve yeni siyasi oluşumların ortaya çıkmasıyla ANAP için düşüşün hızlandığı bir süreç olmuştur. DSP, MHP ve ANAP'tan oluşan koalisyon hükümetinde yer almasına rağmen, partinin halk desteği hızla erimiştir.
2002 genel seçimlerinde ANAP'ın yaşadığı büyük hezimet, partinin %5.1 oy alarak meclis dışında kalmasına neden olmuştur. Bu tarihi yenilginin ardından Mesut Yılmaz, 3 Ekim 2002 tarihinde genel başkanlık görevinden kesin olarak istifa ettiğini açıklamış ve ANAP'taki liderlik dönemi sona ermiştir. Bu, aynı zamanda ANAP'ın kurucu değerlerinden uzaklaşarak siyasi arenadaki etkisini büyük ölçüde kaybettiği bir dönemin de başlangıcı olmuştur.
Mesut Yılmaz'ın liderliği, ANAP'ın tek başına iktidar olduğu son dönemleri, zorlu koalisyon süreçlerini ve partinin kurucu ideolojisinden kopuşunu temsil eder. Benim kendi tecrübelerimden yola çıkarak gördüğüm, Yılmaz'ın liderliği altındaki ANAP, Özal'ın vizyonunu sürdürmeye çalışırken, değişen siyasi ve toplumsal dinamiklere ayak uydurmakta zorlanmış ve sonunda kendi içinde erimiştir.