Yavuz Sultan Selim'in yakalandığı hastalık, tarihî kaynaklarda açıkça şirpençe olarak belirtilmiştir. Bu terim, Osmanlı tıbbı terminolojisinde, modern tıp dilindeki karşılığıyla karbonkül veya antraks (şarbon) olabilecek, deride başlayan ve hızla yayılan, oldukça ağrılı ve ölümcül olabilen, derin bir cilt enfeksiyonu durumunu ifade eder.
Şirpençe, genellikle sırt, boyun veya ensede ortaya çıkan, birden fazla kıl folikülünün ve çevresindeki derin dokuların enfeksiyonu sonucu oluşan, büyük, irinli ve ülseratif bir çıbandır. Yavuz Sultan Selim'in vakasında da bu çıbanın sırtında çıktığı, hızla büyüyüp yayıldığı, kendisine dayanılmaz acılar verdiği ve yüksek ateşe neden olduğu tarihî kayıtlarda yer alır. Bu tip bir enfeksiyon, özellikle antibiyotiklerin bilinmediği ve hijyen koşullarının kısıtlı olduğu 16. yüzyılda, bağışıklık sistemi uzun seferler ve zorlu yaşam koşulları nedeniyle yıpranmış bir kişi için kolayca kan zehirlenmesine (sepsis) dönüşebilir ve ölümcül olabilirdi.
Modern tıbbın ışığında, tarihî şirpençe terimini yorumlarken, Yavuz Sultan Selim'in ölümüne yol açan bu enfeksiyonun şiddeti, yayılma hızı ve belirtileri göz önüne alındığında, en güçlü ihtimallerden birinin deri şarbonu (cutaneous anthrax) veya aşırı şiddetli, komplike bir karbonkül olduğunu düşünebiliriz. Özellikle atlar ve hayvanlarla sürekli temas halinde olan bir komutan ve ordu mensubu için şarbon bakterisi (Bacillus anthracis) riski her zaman mevcuttu. Deri şarbonu, başlangıçta sinek ısırığına benzer küçük bir yara gibi başlayıp, hızla büyüyen, ortası siyahlaşan (eskar) bir lezyon oluşturur ve ciddi sistemik enfeksiyon belirtileriyle seyreder. Bu durum, dönemin "korkunç çıban" tasvirine oldukça uyumludur.
Buradaki en kritik püf nokta, tarihsel tıbbi terimlerin modern karşılıklarını ararken karşılaşılan zorluktur. Şirpençe o dönem için genel bir tanımlama olsa da, Yavuz'un semptomlarının akutluğu, şiddeti ve hızlı ölümcül seyri, bunun sıradan bir çıbanın ötesinde, iç organlara da yayılım gösteren, yüksek toksisiteye sahip, ciddi bir bakteriyel enfeksiyon (muhtemelen Staphylococcus aureus veya Bacillus anthracis kaynaklı) olduğunu işaret etmektedir. Uzun yıllar süren savaşlar, zorlu iklim koşulları ve seferler, padişahın bağışıklık sistemini zayıflatmış, bu da hastalığın seyrini ne yazık ki hızlandırmış ve ölümcül kılmıştır.