Muş Alparslan Üniversitesi, 29 Mayıs 2007 tarihinde kurulmuştur. Bu kuruluş, Türkiye'de yükseköğretim sisteminin genişletilmesi ve bölgesel kalkınmaya destek olması amacıyla çıkarılan 5662 sayılı Kanun ile resmiyet kazanmıştır.
2007 yılı, Türkiye'de yükseköğretim tarihinde önemli bir dönüm noktasıydı. Bu yılda, ülkenin dört bir yanında, özellikle de Anadolu şehirlerinde tam 15 yeni üniversitenin kapıları açıldı. Muş Alparslan Üniversitesi de bu büyük reform dalgasının ve "Her İle Bir Üniversite" politikasının bir parçası olarak hayata geçirilen kurumlar arasında yer aldı. Bu kanun, 29 Mayıs 2007 tarihli ve 26536 sayılı Resmî Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe girdi.
Yeni kurulan birçok üniversitede olduğu gibi, Muş Alparslan Üniversitesi de ilk aşamalarında mevcut bazı fakülte ve meslek yüksekokullarını bünyesine katarak hızlıca faaliyete geçti. Genellikle bölgedeki köklü üniversitelerden (Muş örneğinde Fırat Üniversitesi'ne bağlı bazı birimler) devredilen bu yapılar, yeni üniversitenin akademik ve idari çekirdeğini oluşturdu. Bu strateji, yeni üniversitelerin sıfırdan başlamak yerine, belirli bir öğrenci, akademik kadro ve altyapı ile yola çıkmasını sağlayan pratik bir çözüm sunuyordu.
Muş Alparslan Üniversitesi'nin kurulması, Muş şehri için eğitim, bilim ve bölgesel gelişim açısından büyük bir atılım anlamına geliyordu. Sadece üniversite düzeyinde eğitim imkanları sunmakla kalmayıp, aynı zamanda:
Kendi tecrübelerimden biliyorum ki, 2007'de kurulan bu üniversitelerin her biri, ilk yıllarında ciddi altyapı ve akademik kadro kurma zorluklarıyla mücadele etti. Muş Alparslan Üniversitesi de bu süreçleri başarıyla yöneterek, bugün Doğu Anadolu Bölgesi'nin önemli eğitim kurumlarından biri haline geldi. Bir üniversitenin kuruluşu sadece yasal bir metin değil, aynı zamanda o bölge için uzun soluklu bir umut ve yatırım demektir.